侯方域向張存仁獻策之事，在《清史-張存仁傳》中有提及。
「……存仁聞歸德侯方域才，貽書咨治盜策，方域具以對。存仁用其計，盜悉平。」
是書信來往，並沒有見面。
那麼用其計，又是什麼計呢？
《上三省督府剿撫議》中有明確記載：侯方域向張存仁提了五剿五撫一共十條建議。
五條剿議是：通剿穴，絕徑路，因糧食，鼓敵愾，散敵援。
這五條建議都是兩軍交戰所採取的必要方式，沙場老將張存仁不會不知，根本不用侯方域這個後生小子提醒。
五條撫議是：固根本，昭激勸，簡精銳，信號令，責屯種。
固根本是嚴防投降的起義軍再反叛，昭激勸是善待投降的起義軍，簡精銳則是從投降者中挑選精兵，其餘放歸回鄉，信號令是對回鄉的投降者採取監視措施，責屯種是責令歸鄉的投降者安心耕種。
老實說，這十條建議，尤其是後五條建議如果明末各地的督撫大人們能夠嚴格執行，就不會有那麼多降而復叛的農民軍了。尤其是第三條的簡精銳和第四條的信號令，如果當初熊文燦能夠實施，張獻忠想叛也不敢叛，當然了，財政困窘，朝廷無力安置，也是明末不能執行這五策的重要原因。
這五條對明末的流賊有用，但對榆園起義軍的用處卻不大。
因為兩場戰爭的性質完全不同，一個是為了吃飽飯，只要朝廷給恩惠，能活下去，小兵小卒都願意回家務農，誰也不願意過刀口舔血，朝不保夕的生活。
另一個卻是滿清削髮令之後，漢人心中無法壓制的憤怒，從而導致的民情大爆發。身體髮膚，受之父母，不敢毀傷，孝之始也，《孝經·開宗明義章》就有說，因此榆園起義軍雖然沒有名將，也沒有有名的大人物，卻依然在三省之地捲起了大風雲，張存仁想用侯方域的小恩小惠去瓦解起義軍，幾乎不可能成功、
這十條建議，看起來冠冕堂皇，其實卻無有大用。
說這麼多，只是想要證明一點，那就是侯方域還是有點軍政之才的。
「火燒榆林」，「掘黃河以水灌榆園」都是張存仁所為，只因為清史一句模糊不清的話，就把帽子扣到侯方域的頭上，是不負責的，侯方域和張存仁通信是在順治七年，參加科舉是順治八年，水灌榆園也是在順治八年，如果他真獻此毒計，還用參加科舉嗎？清廷完全可以直接任命，而且會大書特書，用侯方域的名氣瓦解漢人的軍心士氣。
再者，順治八年之時，侯方域的好友方以智，黃宗羲，張煌言，閻爾梅正在
南方反抗，閻爾梅甚至南北奔波，為榆園軍的興起發揮了一定的作用，他父親的故友也都在南明小朝廷中勉力支撐，如瞿式耜，金堡等，清廷尚不得人心，南北起事不斷，滿清統治不穩，隨時都有可能被推翻，從常理推斷，侯方域不會真心實意的為張存仁獻策。
這個鍋，只能是漢奸張存仁的。
但侯方域失節是毋庸置疑的，從侯方域的遺作中去考察，就知道他對辛卯鄉試一事，痛悔失足，極度的抑鬱自恨，他將自己故居改名「壯悔堂」，著《壯悔堂文集》明志，3年之後，僅僅37歲之時就病逝了。