在申時行南下後不久，朱翊鈞這裡就收到了御史尋文善彈劾刑部尚書嚴清的奏疏，疏劾嚴清收受因在揚州作亂而被處決之賈家與章家賄賂，故才上疏為賈家與章家求情，且附上了嚴清索賄的親筆信為實證。
朱翊鈞在收到這奏疏後，一開始想到的是，可能是因為嚴清本是趙貞吉的門人，而和張居正不是很親近，嚴格意義上來講不是張居正的心腹，如今被攻訐可能是張居正的授意，要在刑部尚書的位置上換成自己的人，以便於對這次阻撓新政的犯事人員進行嚴辦。
但朱翊鈞又想到眼下海瑞正在南直搞得官紳不寧，就突然覺得可能是有人項莊舞劍意在沛公。
跟著張居正讀書這幾年，朱翊鈞也從張居正這裡知道了不少朝臣們玩弄政治的手段。
而知道當一件事在朝堂上發生時，很大可能說明有人早就在布下一局棋，故為君者需謹慎處事。
正所謂，大風起於青萍之末。
所以，朱翊鈞沒有因此就讓錦衣衛把嚴清下獄，而是下旨再開政事堂廷議，且讓御史尋文善出席。
「嚴卿家，你告訴朕，你對朕是否足夠忠心？」
而待政事堂再開廷議時，朱翊鈞就先故作慍怒地問了嚴清一句。
嚴清聽後慌忙匍匐在地：「臣豈敢對陛下有半點不誠！」
朱翊鈞哼了一聲，就把御史彈劾他的初本丟在了嚴清面前，連帶著嚴清的那封親筆信：「你自己看看吧，然後再給在場公卿們看看。」
「是！」
嚴清便拾起彈劾他的初本和親筆信來。
而嚴清待看了後，頓時面色大驚，忙叩首在地道：「陛下，臣冤枉！臣就算昔日為賈家與章家等求情，是因收了其贓款，也絕不會如此不慎，留下這樣的實證啊。」
朱翊鈞則道：「朕也不會輕易因此就處置你一公卿之臣，故今日才會在政事堂，當著諸公卿問你。」
嚴清頓時大拜在地：「陛下為政謹慎，是臣等福氣，臣謝陛下相信臣！」
張居正這時也接過了侍御司舍人送來的尋文善彈劾嚴清的奏疏和呈遞上來的嚴清親筆信，而沒有看，只嘴角微揚，面帶喜色，暗想皇帝真的比以前沉穩了，且瞥了張四維等在場公卿們一眼。
張四維則面色寡澹，只是藏於袖裡的手指頭微微顫抖，且斜眼緊張地瞥著尋文善。
朱翊鈞則也在這時看向尋文善：「尋卿，你彈劾嚴卿的罪證從何而來。」
「回，回陛下，臣是，臣是。」
尋文善有些吞吞吐吐起來。
他沒想到朱翊鈞沒有直接將嚴清下獄，而是選擇了在政事堂詰問嚴清，來了一場廷審。
所以，尋文善即便做了這方面的準備，但也還是有些緊張。
朱翊鈞「嗯」了一聲，就道：「說話！」
尋文善則才顫聲說道：「是臣早上起來在門口發現的，發現了有一封信投進了臣的門內。所以，臣就信了這話，才上疏彈劾大司寇的。」
「這麼說，你是不知道這信從何而來？」
朱翊鈞問道。
尋文善頷首：「是的。」
朱翊鈞道：「那這事便是沒有人證，只有物證。」
朱翊鈞接著就看向其他公卿：「諸卿有何意見？」
這時，張居正起身奏道：「陛下，嚴公乃能臣，昔日為巡撫時，痛絕強宗悍吏且不提，不久前就促成了永廢凌遲於本國子民的詔旨，使陛下仁德大施於天下子民，而利國家長遠，可見其為通達不迂腐。故臣認為，不能輕罷，也不宜因查無明證之事重責，何況對於公卿，當以信任為主而少猜忌，疑罪宜當從無。」
「准奏！」
「朕也正是這個意思。」
朱翊鈞說了一句，就問向其他公卿：「諸卿有何異議？」
張四維等自然皆稱無異議。
朱翊鈞便看向嚴清，說道：「嚴卿，朕希望你能對得起你名字里的清字，不要真的讓朕失望。這次朕且相信你，也只認為御史尋文善是風聞奏事，而無實證，留你繼續在刑部，掌天下刑名。但卿為官需要謹慎，既不要真的失於廉恥，或者為一二不得罪人的虛名使小人有可乘之機。」
滿頭是汗的嚴清忙叩謝了朱翊鈞，並表示會謹記朱翊鈞的話。
而待政事堂廷議結束，離開乾清門後，嚴清就如蒙大赦，且忙走到張居正面前來，對張居正拱手一拜：
「謝元輔剛才為下僚執言。」
「公不必如此！這是陛下聖明，為政謹慎，且不輕責大臣，才有此恩。」
張居正忙扶住了嚴清。
「皇恩需記，但元輔執言之恩，亦不能忘。」
嚴清說了一句，就道：「請元輔放心，雖吾厭倦官場傾軋已久，但在自劾去職前，會做好刑部該做的事的，既報皇恩，也報公執言之善舉。」
「有公此言，仆就放心了。」
張居正笑著說了一句。
「項莊舞劍意在沛公。」
「有人想讓海公回京！」
王國光這時走過來說了一句，且隨即就和方逢時一起離開了。
嚴清不由得一愣，隨即頷首。
而嚴清因此當日就上本題請呂藿等逆犯由錦衣衛審訊後，押到刑部，並由三法司會審，而可早日定罪處置。
原來，鎮江副總兵舒大運、操江提督呂藿等被抓進京後，廠衛就一直在審訊他們，且如今也快審出來更多的與呂藿等有勾結的權貴豪紳。
尤其是在王錫爵等送到錦衣衛的罪證被急遞進京後，呂藿等犯人更是無法再隱瞞。
嚴清這個時候上這道本，則是為定這些人罪，而在司法程序上更正義做準備。
因為如果通過三法司定的罪，文官士大夫們也不好說是廠衛屈打成招，在故意栽贓陷害人。
且說，鎮江副總兵舒大運在定海被錦衣衛抓回京城時，張鯨就奉旨親自提審了他，且問道：「你叛逃定海是不是要投靠倭寇？」
舒大運聽張鯨這麼問，嚇得魂飛魄散，忙否認道：「不是，真的不是，卑職只是。」
「只是什麼？」
「說實話！」
「否則，你自己知道後果有多嚴重！」
張鯨問後就厲聲呵斥起來。
舒大運道：「是怕海部堂遇襲的事被算到卑職頭上，卑職也就準備先逃到定海去。」
「這事難道還不是你乾的？」
張鯨問道。
舒大運直接否認道：「不是！」
「你在欺君，且在鄙視我廠衛的能力！」
「你舒大運再不說實話，只怕真的沒人能救你。」
「你要知道，我廠衛能收買你身邊的人，那自然也能知道你和誰來往，而如果你不如實交待，咱家就只能報你舒家舉族謀逆了！」
「你的炮手雖然逃了，但也被我錦衣衛抓了回來，你也不要問我錦衣衛怎麼抓到的！你只需要清楚，我錦衣衛能在你身邊埋眼線，會不知道炮手有多重要，不知道在炮手中埋眼線？」
張鯨問了起來。
舒大運聽後，一是真的因為之前錦衣衛能抓住他而相信錦衣衛有這個能力，二是也怕連累族人，心理防線也就直接崩潰，便忙磕頭：
「公公明鑑啊！我舒氏一族不知此事，也非我謀逆啊，我不過是受操江提督呂公威脅，才做了此事的。」
「很好，把你的供狀寫出來，看在你還算實誠的份上，咱家到時候會請陛下對你從寬處理的。」
張鯨因此笑了起來。
而呂藿在被抓進京後，張鯨也親自提審了呂藿。
不過，張鯨一見到呂藿就道：「呂公，你應該知道自己犯了什麼事。」