實驗材料充裕了，接下來就是要設計一套可行的實驗方案。
宇智波一族寫輪眼的檔案被木葉封存，寫輪眼其實是個秘密，就連佐助逐步開眼晉升，也是全靠自己一步步的摸索。
如今的佐助寫輪眼是雙眼雙勾玉寫輪眼，為了讓鳴人更好地幫他開發寫輪眼，他將自己的開眼經驗如實相告，鳴人記錄了下來。
佐助的眼睛從普通瞳孔開眼到單勾玉，是經歷了家人被殺，面對殺死父母的哥哥卻無能為力，情緒極為激動而造成的。
單勾玉進階到雙勾玉，則是在波之國任務時，和白戰鬥過程中，情況極為緊迫，面臨著生死危機，這樣的壓力迫使他一隻眼睛進階為雙勾玉，看清了白的動作。
雙眼同時進階雙勾玉，則是在不久之前，和大蛇丸在中忍考場戰鬥時，同樣是面臨著極大的生死危機。
佐助寫輪眼進階的經驗也就到此為止了，後續該如何開啟三勾玉，三勾玉又該如何發生質變，進階為萬花筒，佐助自己也不知道。
佐助提供的資料不足，但鳴人還有龍之國的情報渠道，龍之國提供的寫輪眼資料豐富程度比佐助的強一些，但也有限。
雙勾玉晉升三勾玉的機理並沒多大變化，同樣是面臨極大壓力，遇到了生死危機，情緒極為緊張就有幾率晉升。
三勾玉晉升萬花筒寫輪眼，機制就發生了變化，需要的條件是目睹至親之人死在自己面前。
龍之國的資料也就到此為止了，並無萬花筒寫輪眼的進階條件。
畢竟忍界歷史上擁有萬花筒寫輪眼的人只有九個，擁有永恆萬花筒寫輪眼的更是只有兩人，其中一人還是佐助，就算羅鋒知道劇情，也不能在事情未發生之前進行劇透。
擁有萬花筒寫輪眼的人中有佐助的父親宇智波富岳和哥哥宇智波鼬，算是有據可查，劇透一下也不會引起太大的懷疑。
目前的佐助還是雙勾玉寫輪眼，鳴人定下的目標就是幫助他晉升萬花筒寫輪眼，永恆萬花筒寫輪眼那種還未出現的寫輪眼，根本就不在鳴人考量範圍內。
細細分析了資料，鳴人初步推斷寫輪眼的開眼和進階是一種生物的應激反應和自我保護機制。
宇智波一族族人從單勾玉晉升到三勾玉，一般都是在面臨威脅生命存續的巨大壓力時。
這就好像壁虎面對捕獵者，身體發生了一種應對危險的本能反映，尾部肌肉緊急收縮，尾巴自動脫落，脫落的尾巴神經還沒有壞死，可以抖動吸引捕獵者注意力，從而使得壁虎獲得逃生的機會。
同樣的應激防衛機制，很多動物也擁有，如負鼠在面臨危機刺激的時候會裝死，這種裝死並不是一種演技，而是身體發生了特殊反應，生機被瞬間掐斷一般，心跳速度和呼吸頻率都大大下降，還會分泌出一種腐臭般的氣味。
宇智波一族的特殊基因，也就是血繼限界，很可能基因片段中就存在著隱性基因，會在面臨生死危機時，眼睛細胞受到大腦杏仁核分泌的恐懼信息素影響發生變異，隱性基因開始起作用，轉化為顯性。
杏仁核是產生情緒，識別情緒和調節情緒，控制學習和記憶的腦部組織，一旦人的杏仁核出現病變，就會表現出失去恐懼感甚至失去情感的症狀。
假如宇智波一族的成員得了某個不知道自己瘋了的瘋子那樣的病，恐怕一輩子都不可能開眼了。
提出了假說，接下來就該依據假說進行實驗設計，實際驗證一下假說是否成立。
到了這一步，鳴人又犯了難，如果設計實驗的是民科大蛇丸，事情就簡單了，隨便去戰亂小國抓捕些無辜民眾，然後對無辜民眾進行殘酷的折磨和恐嚇，在他最驚恐、求生欲最強的那一刻將其殺死，切開大腦，抽取腦組織液，再將腦組織液注入盛裝著宇智波一族眼睛的培養罐中，觀察眼睛是否會發生變化就行了。
開始研究生命科學之後，鳴人的節操丟了不少，但底線還是有的，可是做不出來這麼殘忍的黑暗人體試驗。
杏仁核分泌的生物信息素成份非常複雜，既沒有分子式也無法人工合成，如何製造就成了問題。
研究就這樣出現了瓶頸，鳴人絞盡腦汁也沒想出辦法，只好向龍之國提出了科技援助的申請。
布雷德羅先生對鳴人提出寫輪眼開發研究很是支持，立刻派來了他的首席秘書艾歐，一個陰森的眼鏡男。
聽鳴人講述了面臨的難題，艾歐對他排斥殘酷人體試驗的心態很是不屑，但礙於龍之國向來以人權衛士自居的對外宣傳形象，也就同意了幫他設計不觸犯人權條件下的杏仁核恐懼激素提取方案。
艾歐拿出了一顆生化大腦，這顆生化大腦乃是《輻射2》世界的道具，主角如果科技點數高，可以將自己的記憶上傳進生化腦，再進行大腦替換手術，將腦子換成生化腦，能增加兩點智力屬性。
這顆生化腦，乃是洗去了記憶的人類大腦，再在大腦上安裝了晶片，從而大大提升了思維運轉速度。
緊接著艾歐又拿出一台大型量子超級計算機，這台計算機乃是來自《黑客帝國》宇宙，能通過腦後插管虛擬出擬真度極高的矩陣世界，身處矩陣世界中的人很難分辨現實和虛擬的界限。
將生化腦接駁在矩陣世界超級計算機上，艾歐又拿出幾塊不知從哪裡搞到的記憶存儲晶片，這些晶片中封印了一個正常人完整的記憶數據，再將晶片中的數據上傳到生化腦晶片中，就製造出了一個只有大腦的仿生人。
仿生人的意識活在矩陣世界伺服器中，大腦相當於安裝了網遊客戶端的個人電腦，儘管矩陣世界中發生的一切都是虛擬，但仿生腦的杏仁核卻可以在虛擬刺激下分泌恐懼信息素。
這套裝置便是一個小型恐懼信息素工廠，可以源源不斷地產生各種化學成分配比的恐懼信息素，具體調解方法就是在矩陣世界中虛擬出各類恐怖事件，讓仿生腦如同真實經歷過般驚恐。
矩陣世界裡，仿生腦可能會經歷全家被殺，被強敵逼入絕境，被怪物追獵等等恐怖場面，這樣的刺激迫使杏仁核分泌特殊化學物質，再將這些化學物質搜集起來提純，就成了寫輪眼開眼催化劑。
得到了提純後的恐懼激素，寫輪眼開眼實驗材料齊備，鳴人終於可以正式進行體外開眼實驗了。
取過一罐裝著一雙眼睛的罐子，鳴人用移液槍提出了微量高濃度恐懼激素溶液，將溶液注入了罐子之中。
按照之前的推斷，已經在寫輪眼培養液中模擬出了擁有寫輪眼的人遇到巨大刺激時的人體生物化學環境，那雙普通的眼球應該會開眼，進階為單勾玉寫輪眼。
可是，等了很長時間，卻什麼都沒發生！
這是怎麼回事？
鳴人試著加大了恐懼激素的劑量，結果眼球發生了中毒反應，變得失去了光澤，竟然失明了！
一雙由胚胎幹細胞培育的宇智波血脈眼球，就這麼輕易地廢掉了。
鳴人失望之餘，也有些慶幸，幸好沒直接在佐助身上做實驗，不然瞎的可就是佐助了！
廢掉了一雙量產型眼睛，也沒什麼值得可惜，有了可以增值的胚胎幹細胞，多少雙眼睛都能培育出來。
隨手將這雙眼睛扔進了生化廢料桶，鳴人又拿出了另外一罐，這一回他沒有滴入恐懼激素，而是開始了思索。
問題出在哪裡呢？
已經高度模擬人體環境了，為何眼睛還是無法晉升，反而瞎了呢？
高度模擬……是不是擬真度還是不夠，缺少了一些必要的元素？
鳴人想著想著，突然腦中靈光一現！
查克拉！
宇智波一族乃是忍者家族，人人都是忍者，都修煉過忍術，體內肯定擁有查克拉。
而且，寫輪眼開眼的時刻，宇智波族人不是在修煉，就是在戰鬥，體內查克拉含量肯定不低！
裝在罐子裡的寫輪眼，就算處於恐懼激素的刺激下，細胞中卻缺乏查克拉的流動，當然不會進階，細胞反而會失去活性。
那麼，接下來的實驗，就要增加查克拉的注入，將眼球置於查克拉流動的培養液環境中，再進行恐懼激素刺激。
鳴人將手按在了玻璃罐上，經過學習螺旋丸的訓練，他都已經能熟練地控制查克拉微粒在手心凝聚和旋轉了，向物體注入查克拉的技巧更是不在話下。
科學忍具研發中心地下的粒子加速器就是為了研究查克拉性質變化而建造的，鳴人也從半年前開始就派遣影分身開展了查克拉微粒碰撞試驗，如今能夠轉化任意性質的查克拉，區別只是他目前比較擅長風遁，到時也能製造其他系遁術查克拉，只是轉化率很低罷了。
考慮到宇智波一族普遍擅長火遁，鳴人首先選擇的是注入火遁查克拉，當查克拉充盈了整個罐子之後，再用移液槍向培養液中加註了微量恐懼激素。
不出所料，變化發生了！
罐子裡的眼睛開始變紅，血絲密布，果然火遁查克拉和恐懼激素共同作用，促使細胞發生了變異！
然而眼睛的瞳孔卻沒出現勾玉，血絲越來越密集，緊接著「轟隆」一聲，那雙眼睛竟然爆炸了！
還好爆炸的威力不強，崩開的罐子玻璃劃破了鳴人的臉頰而已。
實驗又一次失敗了。
擦去臉頰上流下的血，鳴人絲毫沒有沮喪，失敗也是某種意義上的成功，試錯是科學研究通向成功的必經路徑。
一共就只有七種查克拉性質變化，就算火遁失敗了，最多再試六次，肯定能出現預期的變化。
簡單收拾了一下試驗台，鳴人又取過一罐眼球，以此嘗試了其他四系遁術查克拉。
注入雷遁查克拉的時候，眼球發出藍色亮光，但很快焦黑。
冰遁查克拉則眼球凍結碎裂了。
風遁查克拉眼球撕裂成了碎片。
土遁查克拉眼球化作了石塊。
至此，常規的五系遁術全部失敗。
難道只有是陰遁或陽遁查克拉才是正確的選擇？
鳴人最不擅長的就是陰遁查克拉性質變化了，體力轉化率極低，趨近於零。
他到是比較擅長陽遁，便從陽遁開始測試，陽遁查克拉輸入後，眼球竟然開始增生，生長成了一隻長著翅膀的眼球怪！
眼球怪撐破了玻璃罐，撲棱著翅膀飛了起來，像個獨眼大蝙蝠似的在實驗室里盤旋。
這可把鳴人嚇得不輕，發出了小女生看到蟲子般的尖叫，還好他創造出的科學怪物沒長嘴巴，倒是不能咬人，漫無目的地飛了一陣就耗盡了生命力，啪嘰一聲摔落在地死掉了。
就算使用排除法，鳴人也可以確定，陰遁查克拉才能起作用。
可是，他又不擅長陰遁查克拉性質變化，開發寫輪眼實驗又一次陷入了僵局。
鳴人不擅長陰遁查克拉變化，但村子裡卻有不少擅長陰遁的忍者，就像山中井野和奈良鹿丸，他們的家傳忍術全都是以陰遁查克拉驅動的秘術。
但鳴人搞得寫輪眼開發實驗，觸及了很多倫理禁忌，龍之國的人還好，對生命科學研究比較寬容，能以科學的態度對待，木葉村土著要是知道鳴人在偷偷搞這些實驗，肯定把他當成第二個大蛇丸。
無奈之下，鳴人又向自己的科學導師布雷德羅求助，艾歐再一次來到了實驗室。
艾歐用來封印靈魂的遁術，正是陰遁，一種在無形創造形體的精神力量。
艾歐的陰遁查克拉總量，已經達到了影級，對陰遁查克拉性質變化瞭若指掌。
在艾歐的幫助下，由艾歐負責向培養液輸入陰遁查克拉，鳴人用移液槍滴入恐懼激素，二者融合在一起，陰遁查克拉的性質也發生了奇特的變化，化為一種特殊的查克拉。
在這種查克拉的作用下，泡在培養液中的眼球陡然間瞳孔擴散，原本瞳孔的位置被紅色環裝條紋取代，條紋上出現了勾玉圖形。
單勾玉寫輪眼開眼成功！
鳴人的實驗設計不能說絕對的嚴謹和完美，但也算是歪打正著，恰好滿足了寫輪眼開眼的充要條件。
根據千手柱間的說法，當宇智波族人理解到「愛」的真諦後又失去時，「愛」的情感就會轉變成更強大的憎恨。
就是說，當宇智波一族明白了「愛」失去的痛苦後，一種特殊的查克拉會侵入他們的大腦，讓神經有規律的生長，導致他們眼睛的異變。
這種特殊的查克拉，是一種陰遁查克拉的變體，是陰遁查克拉和杏仁核分泌的情緒激素髮生生物化學變化而產生的。
人的情緒來自於大腦的杏仁核，切除了杏仁核的人不存在任何情緒，當然也不會感受到愛和恨，杏仁核使人產生情緒的原理，則是分泌特殊的生物信息素，也就是鳴人用生化腦製備的「恐懼激素」。
陰遁查克拉和恐懼激素結合，刺激了宇智波一族眼球神經，引起了「開眼」的生理變化。
鳴人稍稍鬆了口氣，實驗終於取得了突破性進展，成功地將一顆攜帶宇智波基因的普通眼球開眼。
但這也只是最終目標的第一步，接下來還要繼續研究，如何使單勾玉寫輪眼進一步進階，最終升級為萬花筒寫輪眼。